Dérogation « espèces protégées » : en clôturant le contentieux de l'A69, le Conseil d'État consolide sa grille d'analyse de la raison impérative d'intérêt public majeur

CE, 29 juin 2026, n° 512448 et s., publié au recueil Lebon

Par une décision du 29 juin 2026, publiée au recueil Lebon, le Conseil d'État rejette les pourvois formés contre l'arrêt de la cour administrative d'appel de Toulouse du 30 décembre 2025 et met un terme définitif au contentieux des autorisations environnementales de l'autoroute A69.

Au-delà de son retentissement médiatique, la décision apporte des précisions utiles sur les trois conditions de la dérogation « espèces protégées » prévue à l'article L. 411-2 du code de l'environnement, au premier rang desquelles la raison impérative d'intérêt public majeur (RIIPM).

Le cadre juridique : une dérogation soumise à trois conditions cumulatives

Pour rappel, l'article L. 411-1 du code de l'environnement prévoit notamment une interdiction de destruction, perturbation, et dégradation destinée à assurer la conservation des espèces animales et végétales protégées ainsi que leurs habitats.

Le 4° du I de l'article L. 411-2 du même code permet toutefois à l'autorité administrative de déroger à ces interdictions. C’est ce que l’on appelle la « dérogation espèces protégées » (DEP).

Depuis l'avis contentieux du 9 décembre 2022 (CE, avis, 9 décembre 2022, req. n° 463563), la grille d'analyse est la suivante : la dérogation ne peut être accordée que si trois conditions distinctes et cumulatives sont réunies.

La décision commentée la rappelle en des termes désormais bien connus des praticiens : il faut, d'une part, « l'absence de solution alternative satisfaisante », d'autre part, que le projet ne nuise pas « au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle » et, enfin, que la dérogation soit justifiée par l'un des cinq motifs limitativement énumérés, parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, « par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d'intérêt public majeur ».

Etant précisé que lorsqu'un projet est soumis à autorisation environnementale, cette dérogation est intégrée à l'autorisation unique, qui en tient lieu en application de l'article L. 181-2 du code de l'environnement.

Rappel des trois années de contentieux de l’A69

Par deux arrêtés de mars 2023, les préfets de la Haute-Garonne et du Tarn ont délivré les autorisations environnementales nécessaires à la création de la liaison autoroutière entre Verfeil et Castres (A69) et à la mise à deux fois deux voies de l'A680.

Par deux jugements du 27 février 2025, le tribunal administratif de Toulouse a annulé ces arrêtés, estimant que le projet ne répondait pas à une raison impérative d'intérêt public majeur.

Cette annulation avait provoqué l'arrêt du chantier.

Saisie en appel, la cour administrative d'appel de Toulouse a d'abord prononcé, le 28 mai 2025, le sursis à exécution des jugements, ce qui a permis la reprise des travaux, avant d'annuler ces jugements et de rejeter l'ensemble des demandes de première instance par un arrêt du 30 décembre 2025.

Les associations requérantes se sont pourvues en cassation, en concentrant leurs critiques sur les trois conditions de la dérogation : qualification de la RIIPM, examen des solutions alternatives, et enfin maintien des espèces dans un état de conservation favorable.

La décision du Conseil d’Etat : une RIIPM appréciée globalement, sans exigence de « situation critique »

En l’espèce, le Conseil d'État valide l'ensemble du raisonnement de la cour sur la caractérisation de la RIIPM.

Il juge que celle-ci « n'était pas tenue de rechercher l'existence d'une situation critique d'enclavement ou de décrochage démographique et économique du bassin de vie de Castres » et qu'elle a pu, à bon droit, relever que le projet avait déjà été déclaré d'utilité publique et « prendre en compte, de façon globale, les différents bénéfices attendus du projet en relevant son caractère structurant ».

Sont ainsi pris en considération la réduction d'un tiers du temps de trajet, l'amélioration de la desserte d'un bassin d'activité de plus de 130 000 habitants, le renforcement de sa liaison avec la métropole toulousaine, ainsi que l'amélioration du cadre de vie des riverains de la route nationale et la sécurité routière.

L'enseignement de cet arrêt est double.

D'une part, la RIIPM n'exige pas la démonstration d'une situation de crise ou d'une tension particulière du territoire desservi : un faisceau de bénéfices socio-économiques, apprécié globalement, peut suffire dès lors que le projet présente un caractère structurant.

D'autre part, la déclaration d'utilité publique constitue un élément que le juge peut légitimement prendre en compte sans qu’il soit lié par celle-ci.

Sur l'absence de solution alternative satisfaisante, la décision précise que cette condition est satisfaite lorsqu'il n'existe pas, « parmi les solutions alternatives préalablement étudiées, d'autre solution qui soit appropriée aux besoins à satisfaire, aux moyens susceptibles d'être employés pour le projet et aux objectifs poursuivis » et qui porterait une moindre atteinte aux espèces protégées.  

Enfin, sur la condition tenant à l'état de conservation des espèces, le contrôle de cassation demeure celui de la dénaturation : le Conseil d'État s'assure que la cour a vérifié l'évaluation des impacts résiduels et des gains compensatoires espèce par espèce.

Ainsi les enseignements de cette décision à retenir sont les suivants :

– pour les porteurs de projets et les collectivités, la démonstration de la RIIPM se construit dès l'amont du dossier : bénéfices socio-économiques documentés et appréciés globalement, caractère structurant du projet, cohérence avec la déclaration d'utilité publique ;

– pour les requérants, le terrain de la RIIPM se resserre sensiblement ; l'absence de solution alternative satisfaisante et le maintien des espèces dans un état de conservation favorable demeurent les conditions au contrôle le plus exigeant.